Der Martinsdom ist die Stadtpfarrkirche und Bischofskirche der Diözese Eisenstadt zugleich. An der Stelle des heutigen Doms stand schon Mitte des 13. Jahrhunderts eine Kapelle, die bereits dem Hl. Martin geweiht war. Mitte des 15. Jahrhunderts wurde mit dem Bau der heute dreischiffigen, vierjochigen Hallenkirche begonnen. Ein Brand zerstörte große Teile der Kirche im Jahr 1589. Der frühbarocke Wiederaufbau begann ab 1628, im 18. Jahrhundert folgte eine spätbarocke Ausstattungsphase.
Die barocken Elemente aus dieser Zeit wurden im Zuge der Regotisierung der Kirche zu Beginn des 20. Jahrhunderts zum größten Teil wieder entfernt. Nach der Erhebung des Burgenlandes zur Diözese Eisenstadt im Jahr 1960 wurde die Stadtpfarrkirche Eisenstadt zur Bischofskirche und Domkirche ernannt. Sein heutiges Aussehen erhielt der Dom zu Eisenstadt nach weiteren Restaurierungs- und Umgestaltungsarbeiten in den 1960ern und 2002/03. Die moderne Ausstattung wurde von der Künstlerin Brigitte Kowanz entworfen.
Unter dem Presbyterium befindet sich eine Krypta aus dem Jahr 1716, die seit 1962 als Bischofskrypta dient. Die Krypta kann gemeinsam mit dem Dommuseum gegen Voranmeldung besichtigt werden.