Das Franziskanerkloster beherbergt die Familiengruft der Familie Batthyány.
Adam Graf Batthyány errichtete mit dem Franziskanerkloster eine Begräbnisstätte unter der Klosterkirche, die bis heute verwendet wird. Die Gruft ist kreuzförmig unter der Kirche angeordnet und besteht aus einem zweischiffigen, größeren Raum und einem kleineren unter dem Chor. Daran schließen zwei weitere kleine Räume unter der Lorettokapelle und unter der Sakristei sowie ein weiterer Raum, etwas tiefer liegend, unter dem Turm an.
Eine Erweiterung erfolgte im Jahr 1969, sodass sich die Gruft nun bis unter den Nordtrakt des Klostergebäudes erstreckt. Es befinden sich ca. 100 Sarkophage nebst Herzurnen in der Gruft, die von der der Größe nach der Kapuziner- oder Kaisergruft in Wien die zweitgrößte Familiengruft Österreichs ist.
Die Gruft ist nicht öffentlich zugänglich,eine Besichtichtigung ist aber auf Wunsch und gegen Voranmeldung möglich!